Муниципальное учреждение здравоохранения «Медико-санитарная часть № 9» зарегистрировано постановлением Омской городской регистрационной палаты департамента недвижимости администрации города Омска 16 ноября 1994 года.
В Единый государственный реестр юридических лиц сведения об учреждении внесены 05 ноября 2002 года за № 1025501254096
На основании распоряжения Правительства Омской области от 2 ноября 2011 года № 152-рп «О безвозмездной передаче в собственность Омской области учреждений здравоохранения, находящихся в собственности муниципальных образований Омской области» Муниципальное учреждение здравоохранения «Медико-санитарная часть № 9» передано в государственную собственность Омской области и переименовано в бюджетное учреждение здравоохранения Омской области «Медико-санитарная часть № 9».
Учредителем Учреждения является Омская область.
Функции Учредителя от имени Омской области в пределах своих полномочий осуществляют:
- Министерство здравоохранения Омской области как отраслевой орган исполнительной власти Омской области;
- Министерство имущественных отношений Омской области как орган исполнительной власти Омской области в сфере управления собственностью Омской области.
В связи с присвоением учреждению статуса «клиническое» с 10 апреля 2013 года полное наименование учреждения: бюджетное учреждение здравоохранения Омской области «Клиническая медико-санитарная часть № 9». Сокращенное наименование Учреждения: БУЗОО «КМСЧ № 9».